位于县政府驻地东南7.8公里。清乾隆《平阳县志》称燥溪，表示溪水雨后暴涨，久晴即干，故名。镇以驻地得名。清中叶，当地筑坝拦水改造溪床，遂溪水长流，藻类丛生，燥溪也就更名为藻溪。镇内风景秀丽，风景点多，主要有公婆石、吴家园水库、洞桥、蔗岙山、流石、乌龙瀑、下应洞、飞丝潭、瑞应寺、邦后天仙观等。民国初为二十七都，属亲仁乡。民国二十九年(1940)藻溪乡属灵溪区。1952年称藻溪镇，属藻溪管理区。1956年撤藻溪区复归灵溪区。1958年建藻溪公社。1959 年2 月藻溪改称管理区，5 月称生产大队。1962年恢复公社。1984年2月成立藻溪镇。设藻溪、盛挺、繁枝3个办事处。2012年5月23日，经县委、县政府批准，撤销镇属办事处，设藻溪、繁枝、盛挺3个社区，镇政府驻建光村。
辖1个居民区(兴康)、31个行政村(建光、周浦岭、高岙、下山虎、盛陶、新荣、九堡、丁步头、蔗岙、燕坑、东溪、银湖、富山、汇山、平水、加针坑、小心垟、毛徐、草白、下村、流石、下应、东垟、元店、繁枝、三岙、坡南、北山坡、兴文、丁岙、魁桥)。
