位于县政府驻地东南27.5公里。地处东海之滨，是浙江南大门重要城镇之一。马站古称“蒲门”，和兵马停候憩息，马站由此得名。明洪武二十年(1387)为加强海防守备，在此设立驿站，专供传递书信，有4村归马站镇。清时属五十四都。民国32年(1943)为马站镇。1949年建政时沿用旧称。1956年划桥新、后岘、石头岗，霞锋四村归岱岭乡管辖。1958年为马站公社管理区。1961年称马站公社。1984年改称马站镇，隶属马站区。1992年撤城门、魁里2乡并入。2011年4月15日，经省政府批准，撤销霞关镇、沿浦镇、蒲城乡、渔寮乡建制，其行政区域并入马站镇，设魁里、城门、霞关、蒲城、沿浦、渔寮6个办事处，2012年5月23日，经县委、县政府批准，撤销镇属办事处，设马站、城门、魁里、霞关、南坪、澄海、沿浦、云亭、渔寮、蒲城10个社区，镇政镇政府驻闸桥头村闸朝阳路98号。2016年1月23日，经省政府批准，增设霞关镇、沿浦镇。
辖2个居民区(南街、蒲中)。36个行政村(马站、凤尾山、金山、桥头、山边、闸桥头、霞峰、后岘、城门、大门垟、西边、棋盘、车岭、下屿、中魁、下魁、顶魁、小姑、中姑、南垄、三墩洲、鲂鱼山、渔寮、后槽、崇安、荷包田、王孙、联盟、雾城、关头、滨海、金城、龙门、甘溪、西门外、兴蒲)。
